La región del Caquetá se inicia en el pie de monte andino y termina en los escarpes de Araracuara, en plena selva amazónica. Grandes ríos bañan el territorio, todos afluentes del río Caquetá, que le sirve de límite por el sur.

Entre estos ríos destacan el Ajajú o Apaporis, el Yarí, el Caguán y el Orteguaza, navegables por embarcaciones menores.

A excepción de las poblaciones que se hallan situadas en las bases de la cordillera, y unos pocos caseríos indígenas en las márgenes de los grandes ríos, el resto del territorio se halla prácticamente deshabitado y cubierto de espesa selva tropical húmeda, con una temperatura de entre 27º y 29º

Como ríos principales se encuentran el Caquetá y sus afluentes Yarí, Caguán, Peneya, Rutuya, Orteguaza, y Yurayaco. También son importantes los ríos Apaporis, Fragua, Sunsiyá, Luisa y Guayas.

Los grandes ríos que tienen su origen en la Cordillera Oriental vierten sus aguas amarillas, ricas en nutrientes, al caudaloso río Caquetá. Los impetuosos raudales de este cauce, lugares en donde se angosta el río y se acelera la velocidad del agua, interrumpen el paso a la navegación.
La ley 78 del 15 de diciembre de 1981 erigió en Departamento a la entonces Intendencia del Caquetá, con capital en la ciudad de Florencia.[3]

El departamento ha sido epicentro del conflicto armado colombiano y la guerra contra las drogas en Colombia. Durante el conflicto, la región ha sido utilizada por diferentes grupos ilegales para desarrollar sus actividades, notablemente la guerrilla de las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia que en la década de 1990 mantuvo una gran influencia sobre la región.

Entre 1998 y 2002 se llevaron a cabo los Diálogos de paz entre el gobierno Pastrana y las FARC. En dicho proceso de diálogo, el municipio de San Vicente del Caguán en el norte del Caquetá y cuatro municipios más en el sur del Meta fueron "despejados" o desmilitarizados en una llamada "Zona de distensión".