Vaupés se caracteriza por ocupar un sector de transición entre las llanuras secas de la Orinoquia al norte, y la selva húmeda amazónica al Sur. Sus temperaturas oscilan entre 25 y 30°C.

Vaupés comparte con el departamento del Guaviare la reserva nacional natural Nukak.

La belleza de sus paisajes naturales y la riqueza de fauna y flora ofrecen un cierto atractivo turístico, que incluye especies únicas de fauna y flora.

Los principales cultivos son yuca o tapioca, maíz, plátano, ñame y frutas silvestres. Se explotan recursos mineros como el oro y la ilmenita.

Al estar ubicado en la selva amazónica, el Vaupés carece de vías terrestres para su comunicación y sólo es posible llegar hasta su capital por vía fluvial (especialmente por el río Vaupés) o aérea, contando así pequeños aeródromos en varias de sus comunidades o poblados indígenas, que le permiten la conexión con Mitú, y desde allí con Bogotá u otras regiones.